Первоначально, в XII-XVI вв. на оборудование аптек влияли только требования к получению, обработке и хранению лекарственного сырья и готовых лекарств, а также организация распространения и продажи лекарств. Фактически существовало два типа постоянных аптек (не считая рыночных лавок, которые собственно аптеками не являлись): монастырские аптеки с аптечными садами и помещениями для приготовления лекарств, и городские (светские) аптеки, которые содержали профессиональные аптекари, входящие в цеховые организации.

Расположение и оборудование монастырских аптек диктовалось как удобствами их деятельности, так и некоторыми церковными правилами. Обычно монастырские аптеки помещались у внешних стен или входа в монастырь, посетителям не нужно было входить внутрь монастыря и аптеки имели изолированные входы извне. Помещения средневековых аптек унаследовали характер, определившийся еще в античные времена. Аптеки имели помещение для приготовления лекарств, склады или погреба, а также помещения для продажи лекарств и, иногда, для приема больных монахами, обсуживающими аптеки и выполняющими функции лекарей. Иногда аптеки помещались при монастырских госпиталях внутри монастырской ограды.

Существовавшие в монастырских уставах положения о странноприимных домах, о помощи страждущим реализовывались по разному. На деятельность монастырских госпиталей и аптек сильное влияние оказали эпидемии, поразившие Европу в Средние века.

Первой такой эпидемией была так называемая Юстинианова чума, которая была занесена в Сицилию из Крыма и распространилась по европейским странам в 531-580 гг. Последняя эпидемия чумы, охватившая весь континент, достигла пика своего распространения в Лондоне в 1665 г. Однако самой ужасной была эпидемия 1348-1352 гг., когда в Европе погибла треть населения (25 миллионов человек). Было еще несколько эпидемий, распространившихся на ограниченные территории, например, эпидемия 1713 г. в Чехии, особенно в Праге. Помимо чумы в Европе были отмечены эпидемии и других болезней - тифа, холеры, по-видимому каких-то форм гриппа, который в то время фигурировал под разными названиями. После открытия Америки в Европе распространение сифилиса приняло эпидемический характер.

Феномен эпидемий способствовал попыткам как-то объяснить быстрое распространение болезни (возникли концепции "тлетворного воздуха", а затем заразного начала - "контагия"), а также рекомендовать методы борьбы с ними. Прежде всего началось создание карантинов, когда для морских судов закрывались порты, а больные принудительно изолировались. Активное участие в борьбе с распространением болезней приняли монастыри, превратив свои больницы в карантины. Вклад в борьбу с эпидемиями сыграли и аптеки, через которые продавались как лекарства, так и средства "защиты" от "моровых болезней" - например, порошковая сера для окуривания.

Описания окрепших монастырских аптек сохранили до нас перечни имевшегося там оборудования, прежде всего посуды. Аптечная посуда и аптечный инвентарь Средневековья и Возрождения предназначались главным образом для хранения лекарственного сырья и готовых лекарств. Характерно, что в средневековых аптеках посуда не была снабжена названиями снадобий или алхимическими знаками. Отличалась она формой и родом материала, из которого была изготовлена. Например, сиропы содержались в посуде, напоминающей жбаны, а сухие снадобья, как травы и коренья - в деревянных коробках или ларцах (сундучках). Зато настои (водные), уксус или вино - в каменных или глиняных жбанах и бочках.

Помимо обыкновенных ларей, бочонков и жбанов, в этот период стала изготавливаться специальная посуда, главным образом керамическая. Это были цилиндрические или бочкообразные сосуды, размеры которых позволяли их легко поднимать и переносить, размещая их на полках или в шкафах. Эти сосуды, как правило, закрывали плотными крышками. Позднее на них стали заказывать надписи, в виде принятых названия трав или лекарств. Сосуды снабжались также символическими рисунками, принятыми алхимиками и иатрохимиками. Эти аптечные знаки обозначали как отдельные элементы, так и наиболее распространенные в химической и аптечной практике вещества.

Существовали графины ("караффы"), как керамические, а позднее фарфоровые и фаянсовые, так и стеклянные, для лечебных вин и настоев, Баночки для лекарств в Италии называли "алберелло" или "альбарелло" -от названия серебристого тополя, цвет и рисунок коры которого напоминал итальянскую керамику. Для особо ценных лекарств использовали серебряную посуду. Аптеки были снабжены многочисленными ступами различного размера, как металлическими, так и каменными, а позднее маленькими фарфоровыми.

В аптеках появились цилиндрические сосуды, используемые для получения отстоев и декантации жидкостей в процессе приготовления лекарств. Через аптеки продавались такие важные для врачей Средневековья и Возрождения диагностические приборы как уринометры. Они представляли собой колбы из прозрачного стекла, округлой или конической формы, и служили для сбора и определения цвета мочи больных. Сохранилось множество картин XVI-XVII вв., на которых изображены врачи с уринометрами в руках у постели больного. Потребности аптек в посуде влияли на развитие гончарных, фарфоровых, фаянсовых и стеклянных производств. Многие такие производства создавали прекрасные образцы аптечной посуды, типичные для отдельных регионов. Были известны стеклянные аптечные сосуды венецианского, флорентийского или богемского производства, майолика из Италии или Венгрии и т.д. История аптечной посуды представляет собой интереснейший раздел истории искусств Средневековья, Возрождения и Нового Времени.

Посуда использовалась не только для нужд самой аптеки, но и как упаковка или тара для продажи лекарств. Существовала практика возврата такой тары и взимание залога за неё. Сохранились документы, направленные на защиту покупателя от навязывания ему подобной излишне дорогой тары. Получила развитие практика транспортировки лекарственного сырья. При выполнении "Проекта" Французской Королевской Академии наук по изучению лекарственной флоры вновь открытых земель растительное сырье сохраняли путем консервации в бочках с ромом, вяленое или высушенное сырье доставляли в мешках, используя опыт доставки их колоний чая, кофе и табака.

В XVI-XVIII вв. получили распространение дорожные аптечки, а также передвижные аптеки для армии. Появились специально изготавливаемые домашние аптечные шкафы, образцы которых делали вручную совсем еще недавно и в России. В употребление вошли специальные коробочки (позднее они послужили образцами для изготовления табакерок) для хранения пилюль. Многие из них представляют собой произведения ювелирного искусства.


Аптеки оснащали все более совершенной химической аппаратурой. Там имелись специальные печи, перегонные кубы с довольно сложными устройствами ("шлемами") для улавливания отгонов. Все большее распространение получали реторты, медные, а затем стеклянные.

Регламентация аптечной деятельности сказалась и на устройстве аптек. Торговые лавки или отдельные комнаты для приготовления лекарств стали превращаться в продуманно организованные помещения, планировка и взаимное расположение которых определялось технологическими задачами. Для аптек стали создавать специальную мебель. По-видимому, в аптеках впервые появились прообразы современных застекленных витрин, так как уже в XVII-XVIII вв. изготавливали специальные аптечные шкафы со стеклянными дверцами или застекленными стенками, обращенными к посетителям, которые позволяли видеть их содержимое. Появились тарировочные столы, высокие столы для работы с сырьем, изготавливали специальные мельницы для лекарственного сырья.


В аптеках все большее распространение получали различные мерные устройства, в основном для определения объема. Однако уже в средневековых аптеках одним из обязательных предметов оборудования стали аптечные весы. Введение аптекарских мер и распространение в рецептах указаний веса отдельных ингредиентов лекарств положило начало производству все более точных и совершенных аптекарских весов.

Светские аптеки, начиная с XVI в. становятся центрами не только изготовления лекарств, но и все более интенсивных научных исследований. Период развития парацельсианских, иатрохимических теорий в XVI-XVIII вв. сменился разочарованием в умозрительных построениях - наступил период практической химии. Накопление новых химических знаний происходило в основном в двух сферах: в металлургии и в фармацевтической практике. Эти знания были в основном связаны с препаративными достижениями: фармацевты выделяли и изучали новые вещества, стараясь при этом получить их в чистом виде. Это относилось не только к органическому лекарственному сырью, но и к веществам неорганическим. Так начала развиваться бальнеология - наука о лечебных минеральных водах, при этом аптекари стали выделять соли из различных минеральных источников путем выпаривания. Эти соли использовали либо как лекарства, либо как сырье для изготовления "искусственных" минеральных вод.


Аптечная рецептурная традиция, использование весов и объемных мер постепенно закладывали основы для создания химического анализа. Документация в аптеках была предпосылкой возникновения рациональной научной документации взамен таинственных, герметических (от имени "Гермеса Трисмегиста") алхимических и иатрохимических рецептов.

Эта документация была весьма обширна и хорошо разработана. В аптеках велись аптечные реестры и аптечные дневники. Это были и документы для возможных проверок и важные методические справочники.

Именно в этом виде аптеки стали постоянными элементами городской жизни в Европе. Новую роль аптек - как исследовательских лабораторий, -понимали аптекари, химики и врачи. Примером этого служит наиболее известный курс практической химии, написанный врачом и химиком Андреем Либавием в 1597 г. В нем он впервые описал "идеальную химическую лабораторию", привел её изображение и чертежи. Эта лаборатория фактически представляла собой расширенное многокомнатное аптечное помещение: все химические процедуры, которые предполагалось проводить в этой лаборатории, были типичными рабочими операциями аптекарей того времени.

Аптеки становились также и центрами усовершенствования ремесленных приемов производства лекарств или изготовления лекарственных форм. Появились приспособления для изготовления пилюль, специальные устройства для их ускоренной прессовки (в Италии их называли "пиллольера"). Это были предпосылки возникновения на месте ремесленных аптечных мастерских промышленных производств.

К XVIIIв. положение аптек и социальный статус аптекарей значительно повысился. Принцип монополии аптек, который соблюдался практически повсеместно, обеспечивал высокие прибыли. Аптекари, как правило, занимали почетные места в органах городского самоуправления, особенно в странах Центральной Европы. Аптеки располагались в центрах городов, имели характерные вывески или специальные знаки, которые приобретали характер аптечных гербов, закрепляемых за аптеками специальными рескриптами. Интерьеры аптек приобрели в Европе более или менее унифицированный характер. Стены торгового зала аптеки занимали полки, открытые или застекленные, на которых размешались банки с аптечным сырьем, альбарелло, графины или бутыли. Отличительным знаком аптеки стали чучела крокодилов, подвешенные под потолком, а также экзотические предметы, вроде витого рога, якобы принадлежащего мифическому животному единорогу. Из таких рогов, как полагали, можно было изготовить чудодейственные лекарства. На самом деле эти рога принадлежали морским животным - нарвалам, неизвестным в Европе. Некоторые из аптек с оборудованными лабораториями, складами и торговыми помещениями оценивались в значительные суммы и владение ими или приобретение придавало их владельцам значительный вес в местном обществе.